La tercera fase de vida de Esquel se abrió en el 2000 y continúa hasta el momento actual, aunque, en realidad, empezaría a gestarse desde 1999, año de transición, de crisis institucional agudizada por la depresión del contexto nacional. La nueva etapa se caracterizará por una reestructuración institucional y una reorientación de su modelo de intervención.