La segunda fase de vida de Esquel arrancó en 1995 y se extendió hasta 1999, aunque en realidad empezaría a gestarse desde 1994 que constituye, según veremos, un año de transición para la fundación. Esta fase se caracteriza por el auge institucional, es decir, por un acelerado crecimiento y diversificación de sus frentes de acción que rebasó todas las expectativas, así como por la consolidación de su presencia en el espacio de las ONGs a nivel nacional e internacional. Todo ello en el contexto de un tiempo correspondiente a la reforma política estatal y a la creciente agudización de una crisis que, hacia el final de la fase, asumiría dimensiones de integralidad, atravesando todos los ámbitos de la sociedad.